Hipmi Kota Banjarmasin di pimpin oleh seorang Ketua Umum di dampingi oleh seorang Sekretaris Umum beserta lima Wakil Sekretaris Umum dan seorang Bendahara Umum berserta empat Wakil Bendahara Umum beserta sembilan Ketua Bidang beserta para Kompartemen dan Departemennya.
Kepengurusan BPD Hipmi Kota Banjarmasin mempunyai periode waktu selama tiga tahun dalam masa kepengurusannya. Seorang Ketua Umum BPD Hipmi Kota Banjarmasin di pilih secara demokratis oleh seluruh anggota dan pengurus BPD Hipmi Kota Banjarmasin.
Hipmi juga adalah Organisasi Kader sehingga seorang Ketua Umum BPD Hipmi Kota Banjarmasin hanya bisa menjabat sebagai Ketua Umum satu kali periode saja.
BPD HIPMI Kota Banjarmasin memiliki enam Badan Pengurus Cabang (BPC) yang mencakup seluruh wilayah Kota Banjarmasin yaitu Kota Banjarmasin Selatan, Timur, Pusat, Utara, Barat, dan Kepulauan Seribu.
